局部的胜利并不代表全局的获胜，管理机器人与机械生命体的战斗依然在继续。2B与9S在上次的任务中完美的完成了任务，但是在修复之后没多久又被派遣到新的作战地点待命。

在与反抗军领袖安妮莫宁完成情报交换之后，2B和9S就开始了在地球的战斗之旅。但是他们一开始的调查毫无发现，只有乏味的战斗和巡逻。

但是2B和9S在人类遗弃的沙漠都市中发现机械生命体好像在孕育什么似的在躲避着他们。一路追赶让2B和9S有了不可思议的发现，这群机械生命体在模仿人类的行为，想去创造新的生命。但是机械生命体是不可能学人类通过生殖来繁衍的，毕竟它们只是机械。

发现了两位不速之客，机械生命体发起了攻击，但是它们根本不是寄叶机体的对手，于是这群机械生命体聚集到一起融合出一个新生命。

他具有强大的思维和进化能力，可以看出机械生命体的进化速度已经不是管理机器人能掌握的超前状况。2B和9S立即将剑刺进了敌人的胸膛，谁知道敌人立即增殖。

这种情况已经超出了现有敌人资料的可理解范围，2B和9S立即逃离了崩塌的洞穴回去陈述这一紧急情况。敌人的地面部队大幅减少也是一件奇怪的事情，司令部下令继续探查。但是敌人地面部队减少被列为优先调查的任务，于是两人立即前往目的地，可是因为许多通路都在战争中被毁。当两人通过地下道抵达目的地的时候却发现，这里是一座游乐园，而且机械生命体毫无战意，全部都在玩耍。但是根据基地回馈的信息来看，在游乐园的剧院里，有着大量有着大量失踪部队的反应源。

后来2B和9S才确定，剧院内的队友早已全部死亡。这个BOSS还企图黑进他们的系统让他们丧失战斗力，经过激战他们才解决了BOSS。

当他们离开剧院准备向基地陈述的时候，却遇到了举着白旗的机械生命体。好奇的两人与其接触，决定跟随它去看看，结果进入帕斯卡村的时候却看到了意想不到的场景。

村落里的所有机械生命体居然全部举白旗表示毫无战意，而村长帕斯卡更是表示了它们向往和平的思想。为了增加相互信任，帕斯卡告诉他们，自己和安妮莫宁有来往，并被委托收集燃料过滤器。

2B和9S带着疑问返回反抗军据点询问安妮莫宁，疑虑才得到了消除，帕斯卡确实和反抗军有来往，它的村落也是向往和平的特异群体。

正在这时候他们接到了指令，敌人派出了新的巨型机器人发动进攻。于是9S和2B紧急赶往前线。

但是随着这场战斗的胜利，管理机器人发现了深藏于地底的外星人信号，而外星人就是机械生命体的造物主。既然取得了线索，所有地面部队被派遣搜索外星人的所在地。

2B和9S正好处于信号源上方，自然最早抵达现场。他们在那里只发现了外星人的遗骸。此时他们在沙漠中遇到的那两个已经进化成了人类形态的机械生命体出现了，他们自称“亚当”和“夏娃”，并把他们知道的情报都告诉了9S和2B。

机械生命体的进化具有无限的可能性，在他们开始通过自己的系统网络思考的时候，他们就觉得自己的造物主无法完全媲美他们的进化能力。无论从任何角度来看机械生命体强于造物主许多倍，所以他们才消灭了造物主寻求更高程度的进化。现在他们把目标瞄准了月球上的人类（讽刺的是，人类和外星人早已不存在很多年了，造物主早已被自己的创造物全部毁灭，地球的统治者已经是机器人）。其实机械生命体对人类的矛盾冲突和爱之类的情感觉得好奇，他们想把人类拿来解剖研究，从现有基础上得到更高的升华。

虽然双方无法达成共识，但是他们很快就会知道真相的。而现在逐渐接近真相的寄叶机体看着毁灭的外星人残骸和母舰，也意识到了幻想破灭了，机器人大战恐怕永远也无法结束。

情报汇总后，外星人毁灭的情报被作为机密封存。2B和9S继续被派往帕斯卡村收集情报。

他们从帕斯卡口中得知了许多情报，外星人早已毁灭就是事实，而且还出现了许多独立的机械生命体的群落。

9S和2B前往森林探索，很快发现当地的群落竟然占据了一座古城，而这群机械生命体还推举出了国王，甚至有很强的排外情绪。

两人击败了所有的机械生命体冲入了城堡深处，终于找到了答案，一个看起来就像婴儿般的机械生命体。这就是那些如同飞蛾扑火一般的机械生命体拼命要庇护的。

但在这时候，一个与他们相同的寄叶机体出现了，A2。一切如此巧合，却也奠定了一切真相的开端。

A2消灭了这个如同婴儿的机械生命体。

2B和9S本想询问安妮莫宁，但是突然接到任务。因为派往太平洋的航母返航补给，需要他们立即前往废墟都市。于是两人只好先前往战场。

管理机器人在强力支援部队抵达之后稳定了战场局势，可是海面上突然出现了一个庞然大物。

为了阻止这个庞然大物的登陆，所有在附近的寄叶机体全部投入战斗，在众人的猛烈进攻下，巨型机械生命体产生了致命弱点，陪伴着巨大爆炸冲击，所有寄叶机体信号全部中断。

不知过了多久，2B才苏醒过来。她在战场上到处寻找9S的信号，但是找不到。她只好返回抵抗军据点询问安妮莫宁，才得到了一个法子。于是2B找到了一对红发的双胞胎姐妹询问方法，她们就是“迪波尔”和“波波尔”，也就是《尼尔伪装者》出现的那对姐妹。

双胞胎交给了2B一个扫描器，于是2B在废墟都市中找到了9S的信号。追踪信号的2B来到了一个诡异的白城镇。根据资料显示这是机械生命体制造的，用途不明。但是9S的信号就在这，2B只能一路探索前行。

在前方出现在2B面前的不是别人，正是“亚当”。

原来在亚当眼中，人类的素质就是争斗与厮杀。对于机器人来说，生存与死亡都毫无概念，为了找到存活的意义，憎恶这种情感才是亚当追寻的真理。

于是亚当在2B面前展现出了痛苦的9S，成功拉满了仇恨。他还自行断开网络，在与2B的决斗中直至机能停止彻底感受到了何为死亡。

就在9S修理期间，2B得知由于亚当的解体，敌方一半的网络已经瘫痪。但是司令部要求2B仔细观察断开网络的机械生命体的情况并及时汇报。

此时2B得知帕斯卡要和一个断开网络的群体结成同盟，于是2B和帕斯卡抵达了这个新的大型机械生命体的聚集地。

这个群体处在废弃工厂内，它们着装统一，看起来就像个宗教团体。当帕斯卡说出同盟意图时，统治着整个群体的教主的头部突然掉落在地。全场发出了统一而又恐怖的回响“大家一起去死，然后成为神”。然后所有的机器人都在争先恐后自杀，工厂里的机器人全部程序错乱。2B思考着逃脱的法子，但是帕斯卡却超常冷静的思考这有趣的现象，为何这群机械生命体会有这种行动，它们的思考回路究竟发生了什么变化，这一切都吸引着帕斯卡的好奇心。

可是2B用着一如既往的冷酷言语拒绝了帕斯卡协助调查的要求，毕竟拿同类的痛苦做研究太过残酷。

但是抵抗军营地被夏娃派出的狂暴化机械生命体袭击，发狂的机械生命体如同人类撕咬似的啃食管理机器人，这幅景象让人难以置信。